Майк Вуджер выступил с докладом о сравнительной эффективности кодов машинных программ Манчестера и Национальной Физической Лаборатории. Алан пригласил его остаться в Холлимиде на неделю конференции. Его гость мог бы испугаться, если бы он знал, что Алан гомосексуалист, но он оставался в неведении. То, что он увидел на встрече, его не мало удивило. Это был хаос из горшков и кастрюль, полных сорняков и вонючих смесей, в которых Алан, в качестве своего хобби, выяснял, какие химические вещества можно сделать из природных материалов, и, в частности, проводил некоторые электролитические эксперименты. Майк Вуджер поначалу восхищался методом перевязки кирпичных плит, но затем не проявил полного понимания, когда Алан пытался объяснить свой прогресс в морфогенезе.

Это была биологическая теория, а не имитация или игра, и это была его любимая тема на тот момент. Наконец-то появилось что-то еще, в чем он был серьезно заинтересован, и о чем мог также рассказать. Как только новый компьютер был установлен и заработал, была создана имитация химических волн на идеализированном кольце клеток, «Гидра Тьюринга». После долгой работы он собрал набор гипотетических реакций, которые, при включении условий работы в первоначальном однородном “супе” будут иметь эффект создания стационарного пространственного распределения волн концентрации химического вещества. Это может происходить с разной скоростью с разными результатами: «быстрого приготовления» и «медленного приготовления», как назвал он их. Он также пытался решить проблему гаструляции, показывая, как случайные помехи в сфере могут привести к выбору определенной оси.

В этой работе он выработал уникальное чувство взаимодействия с тем, что было, в сущности, персональным компьютером. Это было похоже на диалог с Колоссом, хотя Рой Даффи, новый инженер по техническому обслуживанию, называл это «игрой на органе», когда он смотрел как Алан сидел за консолью и использовать ручное управление. Каждому, кто пользовался машиной, пришлось разбираться, как она на самом деле работает, потому, что когда магнитный барабан или электронно-лучевые трубки выходили из строя, нужно было вносить изменения в программу. В такой ситуации он мог просто наблюдать за «процессом готовки». Кроме того, у пользователя был полный контроль над работой машины и ее режимом вывода, и Алан иногда отображал биологические образцы на мониторах электронно-лучевых трубок или распечатывал контурные карты методами, разработанными к тому времени на кристаллографах.

Он любил работать по ночам — обычно во вторник и четверг. Но его работа не ограничивалась биологией. В частности, у него была программа «колокольный звон». Колокольный звон? Работа со всеми возможными комбинациями? По ком звонит колокол? Даже не спрашивайте…. Но, как правило, он мог встретить людей, приходящих утром, бегая вокруг них с распечатками — «пятен жирафа», «ананасов» или чего угодно, — а затем возвращался домой и спал до полудня. Это работа в ночное время отразилась в том, что появилась самая прогрессивная часть его Руководства, в которой он объяснил, как настроить машину так, чтобы она работала секретарем для самой себя и следила за всеми экспериментами и модификациями. Даже в этой, казалось бы, чисто технической книге, присутствовала научная игра с “правилами” и “описаниями”: программисту было разрешено работать с машиной логически, инженеру — физически, а также был «формальный режим», по его словам, благодаря этому режиму можно было распечатать описание операций, которые совершались на более высоком уровнек.

Помимо таких сопутствующих исследований в его работе (которая в данном случае предвосхитила появление понятия «операционная система») никто не знал, что именно он делал с машиной, а с осени 1951 года все контакты с остальными пользователями машины и вовсе прекратились.