Со стороны последовала быстрая и критическая реакция на казнь Атауальпы. Судья Гаспар де Эспиноза, давний губернатор Панамы, написал королю письмо, которое было отправлено на том же корабле, на котором Эрнандо Писарро путешествовал в Испанию. Реакция Эспинозы была такой же, какую дал и суд Испании, и все просвещенные люди в Европе. Он был ослеплен достижениями Писарро: «Величие и богатства Перу растут день ото дня в такой степени, что в это почти невозможно поверить <…> это как сон». Но на него совершенно не произвели никакого впечатления те обстоятельства, которые окружали казнь Атауальпы. «Они убили касика [Инку], потому что они утверждают, что он собирал силы с целью напасть на наших испанцев. Поэтому губернатора уговорили – почти заставили – сделать это чиновники Вашего Величества своими настойчивыми просьбами и требованиями… На мой взгляд, вину Инки следовало бы сначала четко установить и доказать, прежде чем убивать человека, попавшего к ним в руки и не причинившего никакого вреда ни кому-либо из испанцев, ни кому бы то ни было». Эспиноза знал, что «жадность испанцев, принадлежащих ко всем классам, так велика, что ее невозможно насытить: чем больше дают местные вожди, тем больше испанцы пытаются убедить своих военачальников и губернаторов убивать или пытать их, чтобы те давали еще и еще… Но со мной у них это не выйдет». Эспиноза считал, что Атауальпу следовало выслать на другую оккупированную испанцами территорию. «Они могли бы выслать его сюда [в Панаму] вместе с его женами и слугами, как и приличествует его положению. У него не было недостатка в золоте, [чтобы заплатить за это]. Здесь мы оказывали бы ему все почести и уважение, как если бы он был высокородным господином из Кастилии».

Император был тронут такими решительными суждениями. Он написал Писарро холодное послание: «Мы получили ваше сообщение о казни плененного вами касика Атауальпы». Карл принял утверждение Писарро, что Инка готовил силы для нападения. «И тем не менее мы недовольны смертью Атауальпы, а особенно тем, что это было сделано именем правосудия, ведь он был монархом… После получения сведений об этом деле мы пришлем наше повеление». Король помнил о святости королевского права помазанника Божьего. А оно серьезно подрывалось действиями такого удачливого выскочки, как Писарро, который безнаказанно смог казнить одного из самых могущественных императоров в мире.

В течение сороковых годов XVI века хронисты отражали это официальное неодобрение действий Писарро в своих нападках на него. Гонсало Фернандес де Овьедо строго осудил убийство «такого великого государя», назвав его «позорным деянием» и «плохой услугой Господу и императору», «актом великой неблагодарности» и «вопиющим грехом». Паскуаль де Андагойя открыто обвинил Писарро и его чиновников в обмане: они «заставили индейских колдунов, которые были враждебно настроены по отношению к Атауальпе, объявить, что у него есть наготове армия, чтобы напасть и убить их. Атауальпа ответил, что все это ложь <…> пусть они пошлют кого-нибудь на равнину, где, по их сведениям, собирались войска, чтобы удостовериться в этом. С этой целью из лагеря выступил капитан Сото с несколькими товарищами. Но все было подстроено так, что Писарро и его советники убили Атауальпу до возвращения Сото». Хуан Руис де Арсе в личном послании своей семье также обвинил Писарро в том, что «он сыграл на обмане конкистадоров», отправив Сото на поиски химеры.