Сверху согласие между церковью и государством было обеспечено счастливым стечением обстоятельств и оригинальным двоедержавием, состоявшим из рассудительного и авторитетного иерарха и монарха, его родного сына, мягкого и покладистого. С общего согласия, например, они возобновляют запрет завещать монастырям земельные владения[121]. В отношении провинции, однако, определенно поднимался вопрос о разделении власти: в 1621 году воеводы и гражданские власти в Рязани предупреждаются о том, что они не должны вмешиваться в дела духовенства, не судить дела, подлежащие юрисдикции архиепископа. Такой же приказ повторился и в 1628 году; подобные же указы, по всей вероятности, были изданы и в других воеводствах[122].

Филарет занимается, главным образом, организацией епархиального управления. Он задумал его по типу приказов, или министерств, царя. Как у царя имелись собственные владения, так и у него была своя патриаршая вотчина. Она была необыкновенных размеров, охватывая более сорока городов и простираясь от Мезени на Ледовитом океане до Путивля на границе Украины, от Брянска на западе до Вятки на востоке. Она включала города первостепенного значения, такие как Владимир, Кострома, Нижний Новгород. Позже, в XIX веке, патриаршая область была разделена на шестнадцать епархий. В мае 1625 года патриарх заставил царя особой грамотой закрепить свою юридическую власть над церквами, монастырями и церковными владениями этой огромной территории с правом судить проживавшее там население по всем делам, за исключением уголовных, и собирать все подати и оброки, какие ему будут угодны[123].

Для осуществления своей власти, которая представляла собой почти суверенное владычество, у Филарета было три своих патриарших «приказа». Один, называемый Дворцовым, был создан для управления недвижимым имуществом и населением, в том числе и домом патриарха. Другой, называемый Казенным, был организован для собирания различных податей, накладываемых на духовенство и мирян, и с этой целью вел учет приходов, дворов и земель. Этот приказ, или разряд, ассигновал нужные средства на расходы и занимался общим финансовым учетом. Третий, и наиболее важный приказ назывался Судным приказом (или, чаще, Судным разрядом) и занимался чисто церковными делами, наблюдая за дисциплиной, и судил во всех случаях как белое, так и черное духовенство; мирян же судил в исключительных случаях. Через головы епископов он фактически распространял свою компетенцию над всей русской церковью. Начальниками этих трех министерств были миряне: то были два боярина в Судном и Казенном приказах и дворецкий в Дворцовом; лишь казначей обычно являлся монахом. Дьяки и подьячие занимались письменной работой, а десятники и боярские сыны направлялись на места для сбора податей, также как и для выполнения специальных поручений. Все они были миряне. Вся эта бюрократия была занята, главным образом, вопросами материального порядка, финансовыми или полицейскими[124].

Филарет узаконивает и определяет размер податей. Каждый двор священника, дьякона, пономаря или просфирни вносит определенную сумму в патриаршую казну; то же самое производится в отношении земель, лугов, рыболовных тоней, пчельников, стоящих на церковной земле мельниц; опять то же самое в отношении дворов мирян, владельцев земли, будь то зажиточных или бедных, или даже вдов. Эту установленную дань все вносят обязательно, не считая особых сборов, вносимых при различных обстоятельствах «десятникам» и патриаршим дьякам. Статьи патриарших доходов были самые разнообразные: тут были и сборы за венчание и за запись новорожденных; было и особое обложение на грамоты, санкционирующие строительство новых церквей (столько-то на каждый престол), за разрешение служить священникам-вдовцам, за разрешение переходить на новый приход всем служащим церкви, начиная от священников и кончая просфирнями, и другие. Существовала точная тарифная сетка[125].